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オイゲノールの化学構造はフェノールと類似している。しかし、その毒性にはフェノールのような腐食作用は含まれていない。摂取すると嘔吐、胃腸炎、ムチン分泌が起こり、結果としてフェノールと同様の全身毒性を示す。職業性暴露によるオイゲノールの急性毒性作用を示す研究はない。ヒトを対象とした研究では、オイゲノールの偶発的な摂取は報告されていないが、毒性機序で論じられているように、肝臓、肺、神経系に毒性作用が認められている。全体として、哺乳類におけるオイゲノールの急性毒性作用は低く、米国環境保護庁はオイゲノールをカテゴリー3に分類している。げっ歯類における経口LD50値は1930 mg/kgを超える。
高用量のオイゲノール投与によって誘発される急性毒性の徴候としては、イヌにおいて胃粘膜の剥離、毛細血管出血、肝臓のうっ血、ラットにおいて胃炎および肝臓の変色などが認められた。実験動物におけるオイゲノールのLD50/LC50値および相対毒性は表1に示されている。






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