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オイゲノールの化学構造はフェノールと関連しています。しかし、その毒性にはフェノールの腐食作用は含まれません。摂取すると嘔吐、胃腸炎、ムチンの分泌を引き起こし、結果として生じる全身毒性はフェノールと同様です。職業曝露によるオイゲノールの急性毒性作用を実証した研究はありません。ヒトを対象とした研究では、オイゲノールの偶発的な摂取が報告されていますが、毒性メカニズムで述べたように、肝臓、肺、神経系に毒性作用が観察されています。全体として、哺乳類におけるオイゲノールの急性毒性作用は低く、米国環境保護庁はオイゲノールをカテゴリー3に分類しています。げっ歯類における経口LD50値は1930 mg kg−1を超えています。
高用量のオイゲノールによって誘発される急性毒性の兆候は、イヌでは胃粘膜の剥離、毛細血管からの出血、肝臓の充血、ラットでは胃炎および肝臓の変色であった。オイゲノールのLD50/LC50値および実験動物に対する相対毒性は表1に示されている。
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